Dahulu Pengadilan di Jakarta hanya satu sebelum tahun 1969 yang disebut “Pengadilan Negeri Istimewa Jakarta”

Pada tanggal 31 maret 2004 telah dilakukan pengalihan organisasi Administrasi dan Finansial di lingkungan peradilan umum, peradilan tata usaha Negara dan peradilan agama ke Mahkamah Agung. Berdasarkan keputusan presiden nomor 21 tahun 2004 tanggal 23 maret 2004.

Pengadilan Negeri Jakarta Timur yang sebelumnya dibawah Departemen kehakiman dan Ham sekarang berada dibawah Mahkamah Agung. Pengadilan Jakarta Timur yang beralamat di Jl. DR. Sumarno No.1 (Sentra Primer) Penggilingan, Jakarta Timur merupakan Lembaga peradilan dengan wilayah hukum Jakarta Timur